Zahedan berfungsi sebagai pusat spiritual komunitas Muslim Sunni Iran, khususnya populasi Baluch, dengan banyak masjid yang mencerminkan arsitektur Islam tradisional. Kota ini menjadi rumah bagi institusi keagamaan penting termasuk Masjid Agung dan seminari Islam yang melayani wilayah Sistan dan Baluchestan yang lebih luas. Sebagai pusat utama keilmuan Islam Sunni dan budaya di Iran, Zahedan mempertahankan tradisi keagamaan yang kuat dan mengadakan pertemuan Islam penting sepanjang tahun.