Yogyakarta, jantung budaya Jawa, menempatkan Masjid Gedhe Kauman bersejarah yang dibina pada tahun 1773 bersebelahan dengan istana Sultan, mewakili gabungan harmoni tradisi Islam dan Jawa. Bandar ini mempunyai kepentingan Islam yang mendalam sebagai pusat Kesultanan Yogyakarta, di mana pemerintah Islam telah mengekalkan tradisi pemerintahan Islam dan keilmuan berusia berabad-abad. Komuniti Muslim yang cergas memelihara sintesis unik amalan Islam dengan mistisisme Jawa, yang jelas dalam seni bina Islam tradisionalnya, seni batik dengan motif Islam, dan pusat-pusat pembelajaran Islam yang terkenal yang telah mendidik ulama selama berjaga-jaga.