Zahedan berfungsi sebagai pusat rohani komuniti Muslim Sunni Iran, khususnya penduduk Baluch, dengan banyak masjid yang mencerminkan seni bina Islam tradisional. Bandar ini merupakan rumah kepada institusi keagamaan penting termasuk Masjid Besar dan seminari Islam yang berkhidmat kepada wilayah Sistan dan Baluchestan yang lebih luas. Sebagai hab utama untuk keilmuan Islam Sunni dan budaya di Iran, Zahedan mengekalkan tradisi keagamaan yang kuat dan menganjurkan perhimpunan Islam penting sepanjang tahun.