مومباسا به عنوان مرکز اصلی میراث اسلامی آفریقای شرقی شناخته می‌شود که شامل مسجد باشکوه مندری و منطقه تاریخی قلعه عیسی با ترکیب معماری اسلامی-سواحیلی است. ریشه‌های اسلامی این شهر از طریق بازرگانان عرب و فارس که جوامع مسلمان پرشکوهی در امتداد ساحل تأسیس کردند، به بیش از هزار سال پیش برمی‌گردد. امروزه مومباسا جمعیت مسلمان اکثریت پر جنب و جوشی را حفظ می‌کند که فرهنگ غنی سواحیلی و سنت‌های اسلامی را نگهداری می‌کند و به عنوان مرکز معنوی برای مؤمنان منطقه خدمت می‌کند.