خارطوم پایتخت سودان و مرکز مهم آموزش اسلامی است که دانشکده شریعت و مطالعات اسلامی معتبر دانشگاه خارطوم را در خود جای داده است. این شهر دارای مساجد تاریخی متعددی از جمله مسجد بزرگ و مسجد الکبیر است که معماری اسلامی سنتی سودان را با مناره‌ها و گنبدهای متمایز به نمایش می‌گذارد. خارطوم به عنوان قلب سیاسی و مذهبی سودان، هویت اسلامی قوی را با جوامع مسلمان پر جنب و جوش و مؤسسات مذهبی که میراث اسلامی کشور را شکل داده‌اند، حفظ می‌کند.