فرغانه دارای چندین مسجد تاریخی از جمله مسجد زیبای سعید احمد خواجه است که عناصر معماری اسلامی سنتی دره فرغانه را به نمایش می‌گذارد. این شهر برای قرن‌ها مرکز مهم اسلامی بوده و به عنوان مرکز دانش اسلامی و تجارت در امتداد جاده ابریشم خدمت کرده است. جامعه مسلمان محلی همچنان آداب اسلامی سنتی را اجرا می‌کند و از طریق جشنواره‌های مذهبی و سنت‌های فرهنگی ارتباط قوی با میراث غنی اسلامی خود حفظ می‌کند.